Die Departement van Mikrobiologie het 'n sterk navorsingsaanslag. Sewe van die akademiese personeel het NNS evaluerings (tans een A, twee B's, twee C's en twee Y's). Die volgende breë navorsingstemas betsaan:

Bakteriële navorsing (Prof Rawlings & Prof Dicks). Projekte sluit in die molekulêre biologie van bio-ontgingings bakterieë en hulle plasmiede; Die taksonomie van melksuurbakterieë, toepassings in gefermenteerde voedsel, bakteriosien produksie en die industriële, veeartsnykunde en mediese toepassings. Daar is sekere areas wat oorvleuel tussen die twee groepe met plasmiede en plasmied biologie as die sentrale navorsingstemas.

Swam en gisnavorsing (Prof. van Zyl, Prof. Botha, Drs. Bloom, Jacobs and Volschenk). Projekte in hierdie breë tema sluit in die bestudering van die diversiteit en heteroloë uitdrukking van ensieme vir die afbraak van plant materiaal in swamme en giste, met biobrandstof produksie as 'n sentrale doel. Ander projekte sluit in die uitdrukking van 'n verskeidenheid van ensieme in swamme en giste, die studie van geen uitdrukking, genetiese manipulering van die sel oppervlak en osmotoleransie in giste. Daar is ook 'n sterk fokus op die bestudering van swam populasies in fynbos grond en ander biome, met 'n spesifieke fokus op genera soos Cryptococcus, Mucor, Fusarium and Penicillium. Daar is aansienlike oorvleueling tussen projekte wat kyk na ensimatiese afbraak van plantmateriaal, toepassings van ensieme, swam en gis fisiologie and genetika.